En 1668 el Conde de Lemus, llego a Laykakota y dio muerte a Jose Salcedo

Las famosas minas de Laykakota fueron descubiertas y explotadas en 1657 por los hermanos Gaspar y José Salcedo, que en poco tiempo se convirtieron en los hombres más adinerados de esta zona. Se llegó a decir que la riqueza de Laykakota no era igualada en América por la cantidad de plata que se podía extraerse de los mencionados yacimientos.
Aunque a los hermanos Salcedo se les tenía por hombres generosos y desprendidos, la actitud autoritaria, su ambición por ganar posiciones sociales y políticas y su menosprecio por personas que se consideraban importantes, originó malestar y descontento entre sus similares.Según afirman algunos, los hermanos Salcedo habrían fundado la ciudad de Puno a la usanza española, con el nombre de San Juan Bautista, cuando descubrieron las minas de Laykakota en mayo de 1657, no existiendo acta, ni documento que compruebe sobre lo dicho, pero es evidente, según han señalado varios autores, que al lado de las minas de Laykakota se formó otra población que

adquirió gran importancia, a la que se le llamaba San Luis de Alba, lugar que según algunos, llego a tener hasta 10 000 habitantes y que fue designada capital de la provincia de Paucarcolla, como así se llamaba por entonces Puno. Retomando nuestra historia, el descontento de algunos sectores de esta población contra los hermanos Salcedo o originó el recrudecimiento de una tradicional rivalidad entre andaluces y vascongados, momentáneamente aplacada cuando los españoles se vieron obligados a unirse para defenderse de la rebelión indígena iniciada en la Paz en 1661; en el curso de la cual los rebeldes asaltaron y saquearon Laykakota, San Juan Bautista y otras poblaciones.
Pero restablecida la autoridad de los españoles, se acentuó la división entre ellos, generándose los graves disturbios que se iniciaron en 1665, siendo Virrey el Conde de Santisteban, quien designó Gobernador al Conde Angel de Peredo, que perdió la vida en los sangrientos sucesos, igual suerte corrieron otras autoridades similares en dicha localidad, entre ellas un jesuita, lo que contribuyó a aumentar la violencia entre los grupos rivales.
Conocido todo ello y a fin de sofocar tales disturbios, llego a Puno Don Pedro Antonio Fernández de Castro, Conde de Lemos y Virrey del Perú, quien encontro los graves asuntos antes señalados, a los que drásticamente puso fin el día 3 de agosto de 1668, fecha en que mando a ejecutar a José Salcedo y a otros protagonistas de los sucesos.
El Virrey mandó destruir la ciudad de Laykakota es decir la ciudad de San Luis de Alva y ordenó que la capital se trasladara a San Juan Bautista de Puno, dándole el nombre de Villa a dicho lugar hoy conocida como Puno.
Se afirma que cuando el Virrey llegó a Puno, ya existía una población con sus calles, la Capilla San Juan Bautista para indígenas, la Concepción para españoles y mestizos, sobre la que después se edificó la Catedral de Puno. En la actualidad existe la casa en que se alojó el Virrey, conocida como la Casa de Conde de Lemus.

El fanático don Pedro Antonio Fernandez de Castro, Conde de Lemos, marqués de Sarriá y de Gátiva y duque de Taurifanco, que cifraba su orgullo en descender de San Francisco de Borja, y que, a estar en sus manos, como él decía, habría fundado en cada calle de Lima un Colegio de Jesuitas, apenas fue proclamado en Lima como representante de Carlos II el Hechizado, se dirigió a Puno con gran aparato de fuerza y aprehendió a Jose Salcedo.
El virrey, según muchos historiadores, lo condujo preso, tratándolo durante la marcha con extremado rigor. En breve tiempo quedó concluida la causa, sentenciado Salcedo a muerte, y confiscados sus bienes en provecho del real tesoro.
Como hemos dicho, los jesuitas dominaban al Virrey. Jesuita era su confesor el padre Castillo, y jesuitas sus secretarios. Las crónicas de aquellos tiempos acusan a los hijos de Loyola de haber contribuido eficazmente el trágico fin del rico minero, que había prestado no pocos servicios a la causa de la corona y enviado a España algunos millones por el quinto de los provechos de la mina.
Cuando leyeron a Salcedo la sentencia, propuso al virrey que le permitiese apelar a España, y que por el tiempo que transcurriese desde la salida del navío hasta su regreso con la resolución de la corte de Madrid, lo obsequiaría diariamente con una barra de plata.
Y téngase en cuenta no sólo que cada barra de plata se valorizaba en dos mil duros, sino que el viaje del Callao a Cádiz no era realizable en menos de seis meses.
La tentación era poderosa, y el conde de Lemos vaciló.
Pero los Jesuitas le hicieron presente que mejor partido sacaría ejecutando a Salcedo y confiscándole sus bienes.
El que más influyó en el ánimo de su excelencia fue el padre Francisco del Castillo, Jesuita Peruano que está en olor de santidad, el cual era padrino de bautismo de don Salvador Fernández de Castro, marqués de Almuña e hijo del virrey.
Salcedo fue ejecutado en el sitio llamado Oroca-Pata, a poca distancia de Puno un 16 de octubre de 1668.